ولدت لوبيتا نيونجو في مكسيكو سيتي بالمكسيك لأبوين من كينيا في عام 1983، ونشأت وترعرعت في كينيا. كان والدها وزيراً سابقاً للخدمات الطبية وكان قد ترشح لعضوية للمجلس التشريعي الكيني في عام 2013 عن مقاطعة كوسيمو.

تخرجت لوبيتا من كلية هامبشاير في الولايات المتحدة الأمريكية حيث كانت تدرس السينما والمسرح هناك، وشاركت في العمل مع فريق اﻹنتاج في فيلمي The Constant Gardener مع المخرج البرازيلي فيرناندو ميريليز، و The Namesake مع المخرجة الهندية ميرا ناير.