وُلدت جوان ألين في 20 أغسطس 1956 في روشيل ، إلينوي ، وهي أصغر أربعة أطفال. هي ابنة ربة منزل دوروثيا ماري (ويرث) وصاحبة محطة الوقود جيمس جيفرسون ألين. عائلة والدتها كانت ألمانية ، وكان والدها ينحدر من أصول أسبانية وإسبانية وألمانية. التحقت بمدرسة روشيل تاونشيب الثانوية حيث تم التصويت لصالحها على الأرجح. انضمت إلى فرقة Steppenwolf Theater Company الشهيرة بشيكاغو في عام 1977 ، وكانت واحدة من الأعضاء الأصليين للمجموعة وتمثلت في عدد من إنتاجاتها الأصلية. تضمنت أرصدة أول فيلم رئيسي لها اثنين من العروض الداعمة التي نالت استحسانا كبيرا والتي أظهرت براعة لها: تحول هزلي في سر القتل في الضواحي Compromising Positions (1985) ودور درامي كامرأة عمياء صداقة مع قاتل مسلسل في Manhunter (1986). في نفس الوقت تقريبًا ، كانت ألن تصنع لنفسها اسمًا على خشبة المسرح في نيويورك ؛ وقالت إنها ستصبح في نهاية المطاف واحدة من الممثلات الأكثر تكريمًا في عالم المسرح في نيويورك والفائز في كل جائزة كبرى عن عملها في Broadway وخارجها. حصلت على جائزة أفضل ممثلة توني في عام 1988 عن أدائها ، مقابل جون مالكوفيتش ، في فيلم Burn This من لانفورد ويلسون ، ورشحت توني في نفس الفئة في عام 1989 عن دور البطولة في The Heidi Chronicles.